NPI ČR je přímo řízenou organizací Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. Zajišťuje přenos vzdělávacích inovací z centrální koncepční úrovně do školské praxe v regionech. Vytváří rámcové vzdělávací programy pro předškolní, základní, základní umělecké a střední vzdělávání. Stará se o metodickou podporu škol a pedagogů a cílené vzdělávání pedagogických pracovníků. Významnou roli v podpoře škol v regionech mají krajská pracoviště NPI ČR.